目前，我国栽培蕈菌共计计4纲, 14目, 31科, 61属。分类地位如下：

1.子囊菌亚门

1.1核菌纲

麦角菌目

麦角菌科

虫草属

麦角菌属

座囊菌目

格孢腔菌科

竹黄属

1.2盘菌纲

盘菌目

盘菌科

盘菌属

羊肚菌科

羊肚菌属

地菇科

地菇属

块菌科

块菌属

2.担子菌亚门

2.1层菌纲

银耳目

银耳科

银耳属

木耳目

木耳科

银耳属

非褶菌目

猴头菌科

猴头属

牛舌菌科

牛舌菌属

革菌科

革菌属

齿菌科

齿菌属

灵芝科

灵芝属

多孔菌科

茯苓属

殉孔菌属

棱孔菌属

树花属

小香菇属Lentinus

侧耳属

多孔菌属

栓菌属

韧革菌科

胶韧革菌属

裂褶菌科

裂褶菌属

锈球菌科

锈球菌属

鸡油菌目

鸡油菌科

鸡油菌属

口蘑目

鹅膏菌科

鸡枞菌属

鹅膏菌属

口蘑科

口蘑属

金钱菌属

离褶伞属

杯伞属

假蜜环菌属

蜜环菌属

金钱菌属

亚侧耳属

玉蕈属

香菇属Lentinula

小皮伞属

香蘑属

小奥德蘑属

伞菌目

光柄菇科

小包脚菇属

伞菌科

蘑菇属

环柄菇属

丝膜菌科

粘滑菇属

鬼伞科

鬼伞属

小脆柄菇属

球盖菇科

鳞伞属

垂幕菇属

球盖菇属

库恩菇属

粪伞科

田头菇属

红菇目

红菇科

红菇属

乳菇属

牛肝菌目

牛肝菌科

牛肝菌属

2.2腹菌纲

鬼笔目

鬼笔科

鬼笔属

竹荪属

内笔菌属

马勃目

马勃科

马勃属

秃马勃属

腹菌目

腹菌科

须腹菌属